ومن أبرز ملفات الخلاف بين مصر وإسرائيل هي المقترحات الإسرائيلية بتهجير سكان غزة إلى سيناء المصرية، حيث ترفض القاهرة كل تلك المقترحات وتعتبرها تهديدا لأمنها القومي.
نقطة أخرى شكلت محور خلاف بين الطرفين وهو الوجود العسكري الإسرائيلي في محور فيلادلفيا الحدودي، عكس ما تنص عليه اتفاقية السلام بين البلدين.
وترفض القاهرة أي وجود عسكري إسرائيلي في تلك المنطقة.
كما يختلف البلدان بشأن معبر رفح الحدودي بين مصر وغزة، إذ تطالب القاهرة بدور للسلطة الفلسطينية بإدارة المعبر وهو الأمر الذي ترفضه إسرائيل.
التعزيزات العسكرية المصرية في سيناء أيضا محط خلاف، حيث اتهمت إسرائيل مصر بانتهاك معاهدة السلام من خلال نشر تعزيزات عسكرية هجومية في سيناء قرب الحدود مع قطاع غزة.
كما يثار خلاف بشأن إدخال المساعدات الإنسانية لسكان غزة من معبر رفح. وكثيرا ما اتهمت مصر إسرائيل بعرقلة وصول المساعدات إلى الفلسطينين في غزة.
